První ročník nezávislého ocenění pro nestátní neziskové organizace proběhl v roce 2013 na základě metodiky „Zdravé organizační řízení“©, která byla vytvořena Nadací rozvoje občanské společnosti ve spolupráci s odborníky z Univerzity Karlovy v Praze v roce 2013. Na hodnocení přihlášených organizací od počátku spolupracují nezávislí odborníci z řad komerčního i neziskového sektoru, státní správy, experti a významné osobnosti, které se aktivně podílejí na rozvoji občanské společnosti v ČR.
V letech 2013–2016 bylo přihlašování do ocenění Neziskovka roku otevřeno vždy v dubnu, slavnostní večer spojený s předáním ocenění nejlépe řízeným neziskovým organizacím probíhá každoročně na konci listopadu.
Neziskovka roku je ocenění neziskových organizací z celé České republiky. Hodnotí profesionalitu jejich práce a efektivitu v oblasti managementu i finančního řízení. Cílem Ocenění je zviditelnit ty nejlépe řízené a představit příklady dobré praxe ostatním. Veřejnosti projekt ukazuje nový pohled na kvalitu práce neziskových organizací. Soutěžícím přináší možnost zhodnotit svou činnost jedinečnou metodikou „Zdravé organizační řízení ©“.
Posuzování přihlášených účastníků začíná sebehodnoticím formulářem a kontrolou poskytnutých podkladů, následují kontrolní návštěvy nejúspěšnějších organizací a na konec prezentace finalistů před hodnoticí komisí. Ocenění pak udílí Nadace rozvoje občanské společnosti ve třech kategoriích podle velikosti organizace. O speciální Ceně veřejnosti rozhodují lidé hlasováním. Oceněné organizace získávají unikátní trofej a další odměny.